南明與明鄭 1683年明鄭主鄭克爽率眾降清明鄭亡

弘光帝死後，魯王朱以海於浙江紹興監國;而唐王朱聿鍵在鄭芝龍等人的擁立下，於福建福州稱帝，即隆武帝。然而這兩個南明主要勢力互不承認彼此地位而互相攻打。1651年在舟山群島淪陷後，魯王朱以海在張名振、張煌言陪同下，赴廈門依靠鄭成功，不久病死在金門。隆武帝屢議出師北伐，然而得不到鄭芝龍的支援而終無所成。

1646年，清軍分別佔領浙江與福建，魯王朱以海逃亡海上，隆武帝於汀州逃往江西時被俘而死。鄭芝龍向清軍投降，由於其子鄭成功起兵反清而被清廷囚禁。朱聿鍵死後，其弟朱聿？？在廣州受蘇觀生及廣東布政司顧元鏡擁立稱帝，即紹武帝，於同年年底被清將李成棟攻滅。同時間桂王朱由榔於廣東肇慶稱帝，即永曆帝。

1646年永曆帝獲得瞿式耜、張獻忠餘部李定國、孫可望等勢力以及福建鄭成功勢力的支援之下展開反攻。同時各地降清的原明軍將領先後反正，例如1648年江西金聲桓、廣東李成棟、廣西耿獻忠與楊有光率部反正，一時之間南明收服華南各省。然而於同年，清將尚可喜率軍再度入侵，先後佔領湖南、廣東等地。

兩年後，李定國、孫可望與鄭成功發動第二次反攻，其中鄭成功一度包圍南京。然而，最後因為距離互相難以照應，內部又發生孫可望等人的叛變而節節敗退。1661年，清軍三路攻入雲南，永曆帝流亡緬甸首都曼德勒，被緬甸王莽達收留。後吳三桂攻入緬甸，莽達之弟莽白乘機發動政變，殺死其兄後繼8月12日，莽白髮動咒水之難，殺盡永曆帝侍從近衛，永曆帝最後被吳三桂以弓弦絞死，南明亡。

此時反清勢力只剩夔東十三家軍與在金廈的鄭成功(史稱明鄭)。李自成餘部在湖南抗清失敗後，轉移到川、鄂山區進行活動，在夔州府以東地區繼續抗清，稱為夔東十三家軍。1662年清軍開始攻打之，到1664年首領李來亨被殺而亡。鄭成功在南京之戰失敗後退回金廈，於1661年率軍遠征荷蘭人佔據的臺灣島成功，明鄭領有臺灣，定都東寧(今臺灣台南)。其子鄭經曾參與三藩之亂，率軍參與反攻失利。1683年，清朝康熙帝命施琅為水師提督進攻臺灣。明鄭主鄭克塽率眾投降，明鄭亡。